生態補償是眼下的一個熱門詞匯。國家在“十二五”規劃綱要中就建立生態補償機制進行了專節論述，強調要按照誰開發誰保護、誰受益誰補償的原則，加快建立生態補償機制。
1983年，云南省對磷礦開采征收覆土植被及其他自然環境破壞恢復費，這是我國關于生態補償機制的較早探索。近年來，云南省在生物多樣性保護、水環境保護等領域探索實施了生態補償機制，但在經濟發展與環境保護矛盾凸顯的當下，建立完善、公平公正、積極有效的生態補償機制迫在眉睫。
對于保護行動和保護付出，缺乏必要的、足夠的生態補償機制
云南有著豐富而獨特的自然資源，在全國主體生態功能區劃中，云南省屬限制開發區和禁止開發區，沒有優化開發區。在國家戰略發展定位上，云南是“我國西南生態安全屏障和生物多樣性寶庫”。
圍繞生物多樣性保護，云南開展了許多工作。云南大學生態所所長歐曉昆教授介紹說，云南的自然保護區建設在國內居于前列，先后建立了180多個各級各類自然保護區，為生物多樣性保護做出了突出的貢獻。
同時，云南制定了許多政策和措施保護生物多樣性。云南省環保廳廳長王建華說：“2008年以來，云南省先后制定了關于生物多樣性保護的《麗江宣言》、《騰沖綱領》和《版納約定》，持續開展以滇西北、滇西南為重點的生物多樣性保護工作。累計投入資金近70億元，實施了生物多樣性保護十大工程，建成中國第一個國家級野生生物種質資源庫，建立了云南省生物多樣性保護基金會，成立了云南生物多樣性研究院。創新保護模式，積極探索和創建了中國大陸第一個國家公園試點——普達措國家公園，并成為中國首個國家公園建設試點省。”
歐曉昆指出：“我們也面臨很多困難。”他說，資金不足是一個問題，認識不夠也是問題。此外，一些政策也還存在缺陷，例如對于保護行動和保護付出，仍然缺乏必要的、足夠的生態補償機制。
在做好環境保護的過程中，地方經濟做出了巨大犧牲，卻沒有得到相應補償
立足于良好的生態環境稟賦，云南在水環境區域補償機制的建立上進行了一些嘗試。
近年來，玉溪和大理兩地政府做了大量保護工作，使撫仙湖至今保持著Ⅰ類水質;洱海近年來整體保持了Ⅲ類水質，是中國城市近郊保護最好的湖泊之一，創造了全國聞名的洱海經驗。
在這其中，玉溪關閉了撫仙湖沿岸大量污染企業，實施“三退三還”。地方經濟，尤其是沿岸澄江和江川兩地的經濟做出了犧牲。為保護好洱海源頭，洱源縣在招商引資、農業發展等方面都做出了讓步，地方經濟發展卻相對滯后。
在做好環境保護的過程中，地方經濟做出了巨大犧牲，卻沒有得到相應補償。洱海流域和撫仙湖流域地區既要保障流域生態安全，保證水資源可持續利用，同時沿岸和上游地區又是相對貧困的地區，因此這些區域在發展經濟和保護流域生態環境中矛盾十分突出。
近兩年來，云南省人大代表、省政協委員紛紛以提案議案的方式建議，要結合本省實際，選取試點探索制定水環境生態補償機制。由環保、水文、財政等部門組成專門機構，制定生態補償的具體辦法和標準。
值得一提的是，2012年12月1日起實施的《云南省牛欄江保護條例》明確規定，云南省人民政府應當建立生態補償機制，將牛欄江保護經費納入財政預算并加大財政轉移支付，多渠道籌集資金用于扶持并改善牛欄江保護區內居民的生產、生活條件。
建立生態補償機制，積極爭取國家、國際保護資金
近年來，國內外對云南生態環境和生物多樣性保護的呼聲日益強烈，云南省既要承擔起國家和全球的保護責任，不斷加大保護力度，又要加快區域經濟發展，改變貧困落后現狀。云南承受著前所未有的雙重壓力。
如何實現既能有效保護生態環境和生物多樣性資源，又能在云南“兩強一堡”建設中發揮重要作用，是云南今后生態建設、經濟建設與社會可持續發展面臨的巨大挑戰。
面對機遇與挑戰，云南省林科院院長楊宇明認為，國家戰略發展定位上云南是“我國西南生態安全屏障和生物多樣性寶庫”。這意味著云南的開發空間在國家層面上已經被限定了，不可能大規模工業化開發。那么，國家就應該對云南省的生態環境和生物多樣性保護有政策傾斜和財政支持。云南省也應該積極向國家爭取生態補償和生物多樣性保護補償，用國家資金承擔起保護國家生態安全和戰略核心資源的責任。
云南大學生命科學學院副院長段昌群教授指出，首先，云南保護和發展的壓力都很大，因為保護不能直接產生效益，保護的內在驅動力不強;其次，云南的生物多樣性保護壓力非常大，單靠自己的力量是不夠的，要爭取國家、國際的資金保護云南的生物多樣性。
結合生態環境和經濟社會發展特點，形成生態補償理論體系和科技體系
在充分借鑒國內外生態補償成功經驗基礎上，結合云南生態環境和經濟社會發展特點，云南省政府研究室副巡視員、研究員楊燁提出了關于推動建立區域生態補償機制的思考。
楊燁認為，目前，生態補償機制的建立應以重大資源開發、重要生態功能區、主要城市水源地、重點自然旅游景區、重要江河流域等領域為突破口，進一步完善政府的調控手段和政策措施，充分發揮全社會參與的積極作用，整合現有生態環境保護和建設資源，爭取用10年～20年時間，初步建立起云南省區域范圍內較為完善、公正公平、積極有效的生態補償機制模式。
可采取3個步驟推動補償機制建立。一是在全省范圍內選擇優先領域開展生態補償試點示范，以建立城市飲用水水源保護區生態補償機制、小流域治理生態補償機制試點為突破口，取得經驗后，逐步拓展到礦產資源開發、自然保護區、江河流域和旅游開發等領域。
二是在滇西北這一世界生物多樣性熱點地區，在全省生態補償的5個重點領域，逐步建立完善生態補償機制，走出一條保護與開發良性互動的新道路。
三是在全省范圍內全面建立覆蓋面廣、行之有效的生態補償機制，基本實現全省環境無凈損失，因保護而利益受損人群得到合理補償，全面促進經濟社會環境的可持續發展。
楊燁告訴記者，生態補償應該重點推動形成四大機制。推進污水、二氧化硫、二氧化碳、固體廢棄物等污染物排放權交易和水權交易、涉礦權交易和林權制度改革，形成真正體現資源環境價值的市場化補償機制。
建立統一領導、超越部門和州市利益的生態補償工作委員會，構建跨地區、跨部門的生態補償管理協調機制。強化生態補償成效評估和政策監督，形成政府多部門聯動，人大、政協和社會輿論積極參與的監督考核機制。加強與國際組織、國內民間組織、研究機構、企業、社區的聯系與交流，打造社會各界參與生態補償的體制機制平臺，形成政府引導、全社會廣泛參與的氛圍和機制。
同時，以地方立法形式確立云南省生態補償的基本原則和基本制度，對補償主體、對象、范圍、標準、方式、資金來源等作出原則性規定。由各地各部門研究制定相應的具體政策標準，形成符合云南自身實際的生態補償政策法規體系。
把生態補償作為公共財政的重要內容，積極爭取國家支持，調整優化支出結構，吸引和鼓勵企業、國際組織、民間組織和其他社會力量參與，形成補償主體多元化、補償方式多樣化的資金籌集和投入體系。探索資源環境評價方法，確定區域、流域環境容量和污染控制總量，制定區域環境保護標準，強化環境保護和生態建設科技研發、引進、推廣應用，形成云南特色的生態補償理論體系和科技體系。
